Cubase6.5の内蔵シンセでSpectorとかMysticを複数トラックで使うと、音が変わってしまう（異常に音がでかくなってクリップする）というバグがある。
対処法としては、音が変わってしまったトラックをコピーするとコピーしたトラックはなぜか元の音に戻るので、それをオーディオで書き出せば解決できる。（MIDIはいじれなくなるのでMIDIを調整した上でオーディオで書き出す）
なお、MIDIのまま保存するとダメ。また音が変わってしまう。
SpectorとかMysticとか特定のソフトシンセだけの問題か？
同じソフトシンセを複数のトラックで使わなければ問題はおこらないようだ。
（2019/09/03記）